В отличие от предыдущих игр id, в Doom 3 присутствуют скриптовые сцены, подготавливающие игрока к действиям. Примерно как и в остальных научно-фантастических играх-ужастиках, каких как System Shock, System Shock 2 и Aliens versus Predator 2, по базе разбросаны сотни текстовых, аудио- и видеосообщений. Сообщения представляют собой внутреннюю электронную почту и аудиосообщения, которыми обмениваются сотрудники лабораторий, администраторы, обслуживающий персонал и сотрудники службы безопасности марсианской базы. Сообщения показывают чувства и заботы людей на марсианской базе и открывают информацию о происходящих в игре событиях. Видеокабинки и телевизионные экраны показывают планетарные новости, корпоративную пропаганду, информацию для посетителей и техническую информацию о базе.

История Doom 3 сконцентрирована на открытии древних руин на поверхности Марса. В табличках, найденные на этих участках раскопок, записано, как древняя марсианская раса разработала одну из форм технологии телепортации. Но был один факт, который они осознали слишком поздно — путь, создаваемый телепортером в пространстве, проходил через мир, весьма напоминающий ад. После вторжения демонов эта инопланетная раса, пожертвовав своими жизнями, создала оружие, известное как Душекуб. Этот куб, будучи заряженным душами почти всех членов этой расы инопланетян, был использован их самым сильным воином для победы над демонами и для того, чтобы запереть тех в аду.

Сделав это, остатки инопланетной расы написали предупреждения всем, кто в будущем прилетит на Марс, предупреждая их не воссоздавать эту технологию, чтобы избежать открытия других врат в ад. После этого они, спасаясь с Марса, телепортировались в неизвестное место; существуют намеки, что как минимум некоторые из них перебрались на Землю, и что люди являются их потомками.

UAC, обнаружив Душекуб и предостережения, использовала их для изобретения той же самой технологии телепортации. После того, что учёные обнаружили, что они открыли врата в ад, они решили продолжать исследования дальше (поддерживаемые их руководителем Малькольмом Бетругером), посылая туда команды и даже захватывая живые экземпляры из этого измерения ценой больших людских потерь. Портальные эксперименты также оказывали странные и тревожные эффекты на исследовательский комплекс Дельта, на которой эти эксперименты проводились. Учёные и рабочие, находившиеся в неведении о природе работ, проводимых доктором Бетругером и его командой, часто сообщали о странных феноменах и подозрительных производственных несчастных случаях. Дух паранойи и страха распространился по всей базе, заставляя многих рабочих просить о большем присутствии солдат и оружия, доступном для них самих.

Потом Бетругер забрал Душекуб в ад и, очевидно, совершил какую-то сделку с созданиями, обитающими там. Под его руководством демоны опять вторглись на Марс, уверенные, что единственный ключ к их поражению был в их руках. Их атака сделала большую часть населения Марса либо мертвецами, либо зомбированными рабами. Большая часть пехотинцев, выживших после первой волны атаки были уничтожены демонами и нежитью, в которых превратилась остальная служба охраны базы, в считанные часы.

Один человек, пехотинец, которым управляет игрок, выжил при этой атаке и с боем прошёл по базе. Он узнал, что Бетругер решил разбить подкрепления, которые были на пути к Марсу, и использовать их корабли для того, чтобы доставить демонов на Землю и завоевать её. Этот солдат также узнал про Душекуб и про портал в ад, где был спрятан Душекуб.

История создания игры:
В июне 2000 года Джон Кармак (англ. John Carmack) опубликовал план, объявляющий о старте ремейка Doom, но с использованием технологий нового поколения.[1] Этот план показал, что в id были споры о решении насчёт новых технологий.

Кевин Клауд (англ. Kevin Cloud) и Адриан Кармак (англ. Adrian Carmack), двое из владельцев id Software, были всегда сильно настроены против создания ремейка Doom. Они считали, что id слишком часто возвращалась к все тем же самым старым формулам и особенностям. Тем не менее, после теплых откликов на Return to Castle Wolfenstein и самых последних улучшений в технологии рендеринга, большая часть сотрудников согласилась, что ремейк был правильной идеей, и предъявила Кевину и Адриану ультиматум: «Позвольте нам сделать ремейк Doom или увольте нас» (среди предъявивших ультиматум был и Джон Кармак). После довольно безболезненной конфронтации (хотя художник Пол Стид (Paul Steed), один из зачинщиков, в расплату за это был уволен) было заключено соглашение о работе над Doom 3.

Разработка игры шла 4 года. В 2001 году она была впервые показана широкой публике на выставке MacWorld Expo в Токио, далее была продемонстрирована на E3 в 2002 году, где 15-минутное демо, показывающее геймплей, было показано в небольшом кинотеатре. Оно выиграло пять наград на E3 в том году. Вскоре после E3 альфа-версия игры случайно была помещена на одном из дисков, выпущенных ATI Technologies для демонстрации способностей своих видеокарт и быстро распространилась по Интернету. (Из-за этой утечки id разорвала партнерские отношения с ATI и выбрала в качестве партнера конкурента ATI, nVidia.) Игра была также показана и на следующих выставках E3 в 2003 и 2004 годах, хотя на веб-сайте id Software не было сведений о проекте Doom 3 до осени 2003 года. Согласно некоторым комментариям Джона Кармака, разработка заняла больше времени, чем ожидалось. Вначале планировалось выпустить игру в то же время, что и две другие ожидаемые игры, Halo 2 и Half-Life 2, на Рождество 2003 года. Однако ни одна из этих игр не была выпущена вовремя, к Рождеству.

Разработка Doom 3 была завершена 14 июля 2004 года, а следующим днем, 15 июля, 2004 года, пришло подтверждение о выпуске версии для Mac OS X. --> Doom 3 была выпущена в США 3 августа 2004 года. В дополнение к этому, 4 октября 2004 года была выпущена версия для GNU/Linux. В полночь в день выпуска игру начали продавать в избранных магазинах. Игра была выпущена для остальных стран 13 августа 2004 года (кроме России и других стран бывшего СССР, где официальная локализация была задержана на примерно 4 месяца, до 10 декабря 2004 года.)

За два дня до официального выпуска Doom 3 была нелегально выпущена сторонними группами в Internet, где она стала, возможно, самой быстро нелегально распространяющейся игрой всех времён. Так как игра была сориентирована на однопользовательский режим, необходимость ввода серийного номера для игры в многопльзовательском режиме слабо сдерживала нелегальное распространение игры. Другими факторами, оказавшими сильное влияние на нелегальное распространение, были долгое ожидание Doom 3 и задержка в выпуске игры за пределами США.

Атмосфера игры:
Самый важный элемент в геймплее Doom 3 — атмосфера. Большая часть уровней очень тёмная, чтобы создать чувство беспомощности и напугать игрока. Она также сильно опирается на световые эффекты для создания подходящего настроения.

Появление сильных врагов (боссов) сопровождается новыми эффектами освещения и/или роликами на движке игры. Чтобы достичь лучшего эффекта, это происходит обычно в тёмной комнате, или в комнате внезапно выключается свет. Почти все действие игры происходит в закрытых помещениях, что обеспечивает много возможностей для внезапности. Так же появление боссов в некоторых случаях сопровождается появлением более мелких врагов(особенно после появления у игрока оружия "душекуб")